扁平疣在治疗的时候，要严禁采用激光，电离子，疣体自身埋植等有创性治疗方案治疗，否则，会使病情加重。
（1） 口服药治疗扁平疣
由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，不是直接杀灭病毒，所以效果并不理想，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持。
（2） 激素转移因子治疗扁平疣
西医治疗扁平疣主要转移因子等激素来提高人体免役功能。由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒，所以治愈率也很低，特别是对一些年龄偏高的人。
（3） 外用药膏治疗扁平疣
维A酸乳膏、肽丁胺软膏等含有激素类成分，长久使用对人体危害相当大。建议不用，或者少用。
（4）采用激光铲除的方法治疗扁平疣
由于扁平疣病毒是在表皮下面，激光只能铲除表面扁平疣颗粒，而皮下病毒没有铲除，所以不可能起到根本的治疗作用，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。
扁平疣及早治疗是非常必要的，但是在扁平疣治疗时一定要选择正确的治疗方案。不然很容易引起其它相关的皮肤病。
